Uma definição típica de um ecossistema é “comunidade de organismos interagindo entre si e com os fatores físicos e químicos, produzindo seu ambiente”(1). Os fatores químicos e físicos incluem luz do sol, chuvas, nutrientes do solo, clima, salinidade, etc. Um ecossistema é inerentemente aberto: energia e nutrientes entram e saem. Ainda mais, organismos ou indivíduos (como sementes, aranhas e pardais) também entram e saem.  Esta definição não formula diretamente que os organismos tendem a interagir com outros no mesmo ecossistema mais que com outros organismos de diferentes ecossistemas, mas este conceito está implícito.

Como a maioria das definições, esta apresenta muitas implicações. Primeiro, todas as partes do planeta, do micróbio que vive na camada mais alta da atmosfera, pardais em um jardim, até as mais exóticas espécies que vivem nas zonas abissais oceânicas, todos eles fazem parte de ecossistemas. Mais ainda, todas estas espécies podem ser consideradas parte de outros ecossistemas, ampliando a escala para um nível planetário, dependendo do critério do observador. Em geral, quanto maior o ecossistema é considerado, menores serão as interações das partes individuais entre si. Desse ponto de vista, considerar ecossistemas nessa escala tão grande pode torná-los simplesmente inatingíveis, do ponto de vista de estudos.

Em segundo lugar, os ecossistemas não são necessariamente estáveis, nem têm todos os seus componentes necessariamente originados daquela área. Alguns ecossistemas podem ser ameaçados ou desestabilizados por novas espécies ou modificações nos fatores físicos, de forma a ameaçar a permanência de espécies ‘residentes’. A serpente marrom e o mexilhão zebra nos Grandes Lagos são exemplos de espécies cuja introdução desestabilizou o ecossistema; a serpente marrom muito voraz já causou a extinção de várias espécies de pássaros e o mexilhão está se alastrando nos rios, ‘expulsando’ espécies nativas.

Em terceiro lugar, é muito difícil separar um ecossistema de outro, e alguns podem argumentar que não existe maneira de fazer isso. Para estes que questionam a legalidade dessa tentativa, uma fronteira física ao redor de ecossistemas tem tanto sentido quanto delimitar fronteiras ao redor da fotossíntese. Outros acham aceitável delimitar limites para algumas propostas, como estudar algumas poucas espécies, em um ecossistema. Eles poderiam sugerir fronteiras entre ecossistemas em uma área para estudar salamandras e, talvez, uma delimitação diferente do ecossistema para estudar besouros, reconhecendo que tenham usado diferentes critérios para tal.

Ainda há outros que não estão apenas prontos para aceitar essa delimitação, mas também dispostos a selecionar linhas de corte, fronteiras de parques nacionais e outras reservas legais, ainda que estas linhas não tenham sido definidas previamente pelo grupo (2). Argumentam que estas linhas ocasionalmente seguem fronteiras ecológicas relevantes e isso facilita o gerenciamento e aquisição de dados. Logo, seriam essenciais. As fronteiras da Reserva da Biosfera dos Apalaches, por exemplo, segue as linhas de fronteira do Estado, uma vez que praticamente todas as agências federais e estaduais coletam dados nessa base, e apenas alguns pesquisadores coletam com nível de detalhamento maior (3). Esta visão reconhece que a escolha compromete severamente a definição de ecossistema dada acima, mas seus defensores vêem poucas opções realistas, em termos da tomada de decisões sobre uso da terra.

Dois exemplos podem ajudar a esclarecer ambos os conceitos de ecossistema e os dilemas na aplicação de conceitos na natureza.

Considere pardais que vivem em um jardim na Flórida. Se os pardais são nativos ou introduzidos é irrelevante de acordo com a definição acima: eles estão interagindo com outros indivíduos de sua espécie e com outras espécies, e com fatores físicos e químicos do meio. Eles poderiam ser considerados apenas parte do ecossistema jardim onde, se eles forem voadores ‘fracos’, necessariamente interagiriam mais com outras espécies do mesmo jardim que com ecossistemas adjacentes (4). A ilha é tão intimamente conectada com o mar próximo, dependendo do mar para moderação do clima, umidade e fontes alimentares para predadores terrestres, que a ilha e seus recifes de coral também podem ser vistos como um único ecossistema interdependente. Mais ainda, muitos pássaros e peixes utilizando a área da ilha dependem da Baía da Floria como parte do seu ciclo de vida: alimentação, postura de ovos, desenvolvimento dos jovens, etc. A riqueza da Baía da Flórida, por sua vez, depende não apenas da quantidade certa de nutrientes microscópicos que fluem das Everglades, mas também dos fluxos que mantêm a salinidade adequada para o atual conjunto de espécies. Dessa forma, os pardais poderiam ser parte de muitos ecossistemas simultaneamente, todos se sobrepondo ou contendo outros.

A seguir, considere alguns insetos em um rio de montanha na Península Olympic em Washington. A bacia de drenagem deste rio poderia ser considerada o seu ecossistema, onde eles interagem com outros insetos, encontram alimento e fogem de predadores. A área pode parecer um ecossistema auto-contido (5). Ainda assim, está intimamente ligada ao seus arredores. Peixes anádromos são a clara ligação dos insetos com o exterior. Após uma ano ou mais no mar, talvez até na costa do Pacífico, eles retorna, montanha acima, nos rios, onde eles reproduzem e morrem. Os peixes adultos são capturados não apenas pelos homens, mas por outros predadores também. Os nutrientes provenientes da decomposição de seus corpos fertilizam os rios, fornecendo alimento para microorganismos; estes, por sua vez, servem de alimento para outros, como insetos, por exemplo. Os insetos podem ser a base alimentar para os jovens salmões eclodidos, enquanto retornam ao mar pelos rios. Assim, os insetos se alimentam indiretamente de matéria proveniente de do mar, milhares de quilômetros distante, por meio da decomposição dos salmões; seu ecossistema pode se estender até o mar do Japão. E aves que alimentam sua prole com estes insetos podem migrar para a América Latina no inverno, absorvendo seus recursos lá; seu ecossistema pode se estender até a Argentina.

Alguns podem querer considerar bacias adjacentes como parte do mesmo ecossistema, baseados em padrões de chuvas, enchente, estrutura do solo e outras características físicas e químicas, que definiriam ecossistemas. Assim, pode haver fronteiras bem definidas para um ecossistema nesse caso? Caso afirmativo, refletiria o ecossistema dos insetos, apenas? Ou dos insetos e peixes anádromos? Ou dos insetos e aves? Ou todas as três espécies e a chuva e nutrientes do solo? A resposta é: ‘depende’.

Da forma como a palavra ‘ecossistemas’ tem sido utilizada pelos ecólogos, um ecossistema pode ser grande ou pequeno, pode incluir áreas muito urbanizadas ou prístinas (preservadas). Contudo, a palavra raramente aplicada a espaços descontínuos: dois cumes de montanhas similares poderiam ser considerados ecossistemas similares e não um ecossistema, a menos que se inclua a terra em volta delas.